就在与反叛组织“晓”的斗争结束后，木叶村笼罩在一种诡异而不祥的气氛中。此刻，火影忍者漩涡（竹内顺子配音）沉浸在对家人的思念中，感到孤独和无助。一天晚上，心情不好的鸣人偶然遇到了刚刚和家人吵架的中村樱（由中村嘉义配音）。在公园里聊天时，神秘的阿基拉（上田直也配音）突然出现，并用她的瞳孔操纵他们。在眩晕之后，鸣人和小樱发现，在看似普通的木叶村，他们曾经熟悉的同伴发生了重大的性格变化。一系列的反常事件给他们两人带来了巨大的痛苦。更令人难以置信的是，佐助和鸣人的父母森川浩史（森川静树配音）和九州娜（顺原惠美配音）出现在他们面前。潘基文的阴谋慢慢展开。。。这部电影改编自岸信介的漫画原作，是该作品的第九部动画剧场版。