SIDE6沉浸在和平祥和的气氛中，远离战场，那里几乎从未发生过战争，驻扎在这里的联邦军队也不多。这并没有让年轻的阿鲁感到高兴，因为他是一个军事爱好者，渴望看到激烈的战斗场面。一天，当阿鲁和他的朋友们交流时，殖民地发生了骚乱，这是吉恩的小型侦察部队和联邦之间的冲突引起的。不久之后，一名受伤的扎克从阿鲁上空飞过，降落在附近的森林草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼用他的军衔徽章换了阿鲁的相机磁卡，磁卡记录了阿鲁从联邦工厂抵达的MS组装镜头。此外，还有一张克里斯的美丽照片，他是几天前从地球搬来的阿鲁一家的邻居。巴尼获得的情报引起了吉恩军队的注意，他们立即组成突击队执行摧毁戈达的任务。于是，巴尼的团队依靠一场小规模战斗的混乱，再次潜入SIDE6。在宇宙殖民地，巴尼再次见到了阿鲁。渴望成为MS飞行员的Young Aru自愿为基因突击队侦察联邦军秘密基地的位置，并与监视他的年轻人Barney成为朋友。一天，巴尼在阿鲁的窗户下遇到了克里斯，这给巴尼的监视任务带来了一丝乐趣。与此同时，在突击队的秘密仓库里，柯达公司使用的新MS Kampuma正在组装中，计划在圣诞节前完成摧毁亚历克斯的任务。在所有的准备工作完成后，高达战役的毁灭开始了。由吉恩的一名老兵驾驶的Kampuma号将驻扎的联邦部队打得落花流水，并与突击队合作，迅速抵达停在亚历克斯的秘密工厂。亚历克斯NT-1迅速做出回应，以表现优势击败了坎普马。此时，吉恩的突击队在战斗中失败了，除巴尼外，所有队员都牺牲了。吉恩的突击队行动失败后，该队唯一的幸存者巴尼接到指令，立即撤离SIDE6。由于吉恩军队没有机会组织力量摧毁戈达德，他们计划在圣诞节前夕使用核弹摧毁整个太空殖民地。得知消息后，巴尼要求阿鲁立即通知家人和克里斯尽快离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望他出色的车手巴尼能够击败亚历克斯，拯救殖民地的命运，所以巴尼不得不独自离开。警方不敢相信阿鲁的报告，对其置之不理。与此同时，载有吉恩军队核弹头的攻击舰已离开母船。面对他的朋友和家人，阿鲁几乎感到绝望。在机场，巴尼在犹豫。最后，他决定为阿鲁、他心爱的克里斯和殖民地的人民向亚历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了在第一次攻击SIDE6时被击落的扎克，并用他唯一的武器——能量斧对NT-1发动了攻击。与此同时，阿鲁从父亲那里得知，吉恩军队将在几天后签署最终的作战协议。他向巴尼战斗的地方跑去，但面前那把破碎的NT-1光束剑已经刺穿了扎克的驾驶舱。而被救护人员从NT-1驾驶舱救出的联邦飞行员那一头美丽的红发更是让阿鲁目瞪口呆